Il Parco delle Gole della Breggia appartiene alle Alpi Meridionali, un settore della catena alpina coperto a sud dai giovani depositi della Pianura Padana e separate dal resto delle Alpi, a nord, da una lunghissima frattura detta Linea Periadrica. Uno degli “spezzoni” di quest'ultima è la Linea Insubrica che taglia il Ticino in direzione ovest-est all'altezza del Piano di Magadino. A nord e a sud di questa linea, le Alpi mostrano un doppio volto: mentre a nord le falde sono rivolte verso nordovest, a sud sono rivolte verso meridione. Le Alpi Meridionali si distinguono dal resto della catena montuosa anche perché sono state aggiunte per ultime al resto della montagna e per il fatto di rappresentare un modello nell'ambito della tettonica a zolle. La tettonica è lo studio delle deformazioni delle rocce; la tettonica a zolle è la teoria secondo cui tutta la superficie terrestre viene paragonata ad un mosaico suddiviso in tessere che, galleggiando come zatteroni sul sottostante involucro semifluido, vanno alla deriva in perenne movimento le une rispetto alle altre. L'interazione tra le placche permette di spiegare lo sviluppo di numerosi fenomeni quali ad esempio l'apertura degli oceani, la formazione di montagne, la distribuzione di terremoti e vulcani.
L'area mediterranea si presenta appunto come un mosaico di placche con al centro bacini marini circondati da catene montuose, prodotte con il coinvolgimento di due placche principali (Africa e Europa) tra cui si trovavano altre “zattere” più piccole.

250 milioni di anni fa, le terre emerse erano unite e costituivano la Pangea. La Tetide, era invece il grande mare che comprendeva due bacini di diversa età: il PaleoTetide e il NeoTetide. Il primo, più vecchio, si chiuse mentre il secondo, più giovane, continuava ad aprirsi. Questo comportò il distacco di una striscia di terra composta da piccole placche chiamata Cimmerico alla cui estremità occidentale vi era Adria, la microplacca su cui poi si sarebbe svolta la storia delle Alpi Meridionali.
Adria era un pezzo d'Africa ed è il basamento dell'attuale Ticino meridionale, Italia peninsulare, Adriatico e Balcani.
Adria, in seguito alle erosioni avvenute nel Paleozoico, doveva apparire come una terraferma pianeggiante che venne poi progressivamente sommersa
dalle acque della Tetide dando luogo ad un paesaggio simile alle Bahamas con isolotti, secche e bacini.
A seguire vi fu un'intensa fase di lacerazione della terra (rifting) che creò, all'interno del Bacino Lombardo, anche quello del Generoso.
Per le rocce della Breggia questa fu una vera e propria culla profonda circa 1000 metri con una velocità di sprofondamento di 300-400 metri per milione di anni.
Il Bacino era limitato ad ovest dalla Soglia dell'Arbostora, oggi dorsale del Monte San Giorgio e penisola dell'Arbostora, e tra il Bacino e la Soglia esisteva una Faglia molto attiva, quella di Lugano. Questo versante sottomarino era soggetto ad una continua frantumazione.

Ai depositi della Soglia dell'Arbostora si contrapposero quelli dell' adiacente Bacino del Generoso che, continuando a sprofondare, risultava incapace di colmarsi. Il fondale era ammantato da fanghi fini che si sommavano ripetutamente ai detriti franati provenienti dalla Soglia dell'Arbostora. Questo riempimento è rappresentato oggi dal Calcare di Moltrasio che costituisce anche tutto il Massiccio del Generoso.

L'inabissamento e la fine del Calcare
L'attività tettonica terminò e l'intero Bacino Lombardo iniziò a sprofondare fino a portare all' “annegamento” della Soglia Arbostora. Questo fece diminuire drasticamente la velocità di sedimentazione, dai decimetri che composero il calcare di Moltrasio ai millimetri delle rocce meno antiche.
Nel Parco, i banchi grigiastri del Calcare di Moltrasio lasciarono improvvisamente spazio agli strati colorati del Calcare di Morbio e del Rosso Ammonitico Lombardo oltre che dei Calcari e marne a lamellibranchi pelagici.
La profondità del mare continuò ad aumentare e questo fece sparire i fossili dei molluschi, le ammoniti, che avevano un guscio di aragonite, un materiale facilmente solubile nelle acque marine profonde. Siamo ad un cambio significativo, scompaiono i Calcari e appaiono le Radiolariti, rocce quasi completamente silicee.

Quale evento causò questo fenomeno? Semplice, circa 300 chilomentri più a occidente era nata la Tetide Alpina, un nuovo oceano.
Il Bacino del Generoso che fino ad allora aveva vissuto quasi di vita propria, condivideva ora il destino comune di altri fondali del Bacino Lombardo, era ora connesso al nuovo oceano. Questa fase cambiò tutte le carte in tavola in quanto ora, la genesi dei sedimenti alla base delle future rocce, dipendeva strettamente dalla legge del nuovo oceano e non da fenomeni tettonici sino allora determinanti come ad es. il rifting.
Le acque ricche di sostanze nutritive e le correnti determinarono la comparsa dei coccolitoforidi, alghe unicellulari a guscio calcareo.
Il calcare tornò ancora a dominare e i gusci dei coccolitoforidi, depositandosi sul fondo sottoforma di fango calcareo, abbassarono la profondità critica dei carbonati e permisero la formazione della Maiolica Lombarda.

Circa 120 milioni di anni fa, nel Bacino del Generoso, la Maiolica venne sostituita dalla deposizione di fanghi emipelagici ovvero fanghi contenenti particelle di argilla provenienti dalla erosione dei continenti. Oggi, sono visibili nelle marne della formazione della Scaglia. La scaglia testimonia una alterazione ed erosione di una terraferma ancora lontana. In effetti, proprio in quel periodo, l'Atlantico Meridionale si stava aprendo e, separando Sudamerica e Africa, costrinse quest'ultima e Adria a ruotare verso l'Europa fino a chiudere progressivamente la Tetide Alpina.
Il vecchio oceano si consumò progressivamente ed i suoi sedimenti si corrugarono a formare le prime grandi pieghe allungate in direzione est-ovest, la direzione delle attuali Alpi. Le Gole della Breggia erano lontane ma questo
avvenimento è comunque annotato tra gli ultimi strati della Scaglia, ovvero quelli del Flysch.

Si tratta di una sorta di sabbia composta da frammenti di rocce ed organismi di mare basso, trascinati in profondità attraverso periodiche frane sottomarine. Questi strati, non solo sono i primi testimoni della formazione delle Alpi, ma chiudono la serie di rocce di origine marina del Parco iniziata 100 milioni di anni prima.

L'oceano della Tetide Alpina è ormai consumato, sparito il “cuscinetto” che li separava, i margini continentali dell'Europa e dell'Adria entrarono presto in collisione. Enormi quantitativi di crosta continentale vennero coinvolti nella costruzione dell'edificio alpino.
Movimenti lungo la Linea Insubrica svincolarono le Alpi Meridionali dal resto della catena montuosa ed indussero le deformazioni a migrare verso sud, acquisendo la cosiddetta vergenza africana. Si formarono così le Alpi che conosciamo oggi, caratterizzate dalla doppia vergenza, una a guardare il Mediterraneo e l'altra l'Europa Centrale. Nello stesso momento, vi fu l'innalzamento delle Alpi che raggiunsero quote stimate tra i 5000 e i 10000 mt.

Le Alpi subirono una erosione piuttosto rapida che contribuì a ridurne la quota, i detriti generati fecero elevare il territorio del Parco sopra il livello del mare. Soggette ad un clima tropicale umido, le sue rocce si alterarono profondamente e vennero poi incise da profondi canyons legati alla crisi di salinità del Mediterraneo. In questo periodo infatti, l'afflusso d'acqua dall'Atlantico al Mediterraneo attraverso lo stretto di Gibilterra si interruppe per circa 500.000 anni causando l'evaporazione del Mediterraneo, il cui livello scese di 2000-3000 metri.
I fiumi che vi sfociavano ed i loro affluenti iniziarono una intensa erosione verticale incidendo il loro letto sino a quote inferiori di 500-700 metri rispetto all'attuale livello del mare. Questo evento fu responsabile dell'approfondimento dei laghi prealpini e di numerosi canyons.
L'antica valle della Breggia correva immediatamente a fianco di quella attuale e, uscendo dai confini dell'attuale Parco, manteneva la propria direzione verso sud passando tra Ronago e Seseglio anziché piegare verso est ovvero l'attuale Lago di Como.

Il Conglomerato di Pontegana
Queste valli profonde furono in gran parte colmate da ingenti quantità di detriti alluvionali; il Conglomerato di Pontegana rientra in questo quadro ed è legato a colate di fango e detriti depositatesi a più riprese nella parte terminale della valle della Breggia. La sua provenienza dal blocco del Generoso è testimoniata dalla composizione degli elementi che lo costituiscono. Il Conglomerato affiora oggi prevalentemente nella parte bassa del Parco dove copre le rocce più vecchie.

Il Mendrisiotto iniziò ad essere interessato da svariate glaciazioni, se ne contano infatti almeno nove!
Nella fase di massima espansione, il ghiacciaio presente nella Piana di Chiasso non solo occupava completamente il territorio del Parco ma si estendeva ben al di sopra dello stesso, fino all'attuale abitato di Bruzella in Valle di Muggio.

Circa 25.000 anni fa, a seguito di una fase calda con lo sviluppo di un suolo e una foresta, iniziò l'ultima glaciazione conosciuta anche come Glaciazione di Cantù.
Il Parco cambiò volto ripetutamente in questa fase; i Ghiacciai del Ceresio e quello del Lario arrivarono a fondersi ed una parte di quest'ultimo risalì la valle della Breggia sino a poco sopra i confini del Parco, che venne pertanto ancora una volta occupato dal ghiaccio. In seguito a quest'ultima glaciazione, i due ghiacciai non si toccarono più e la piana di Chiasso, riempita dalle acque provenienti dal Ghiacciaio del Lario, si trasformò in un lago.
Le sue acque superarono di circa 50 metri l'attuale piana sommergendo quindi il Parco sino ad una quota di circa 300 metri. Risulta facile ora comprendere come mai i depositi derivanti dalla Glaciazione di Cantù siano così eterogenei; gli ambienti glaciali, lacustri e fluviali che si sono susseguiti e alternati ci hanno regalato tutta questa varietà.
Circa 15.000 anni fa i ghiacciai si ritirarono per l'ultima volta, le frane hanno ricoperto di detriti parte dei versanti e la Breggia ha approfondito le gole nella parte superiore del comprensorio e depositato le sue alluvioni in quella inferiore. Questi sono detti depositi postglaciali che continuano ancora oggi.
Ai giorni nostri ci si potrebbe allora domandare dove sia finita tutta l'energia che ha portato alla formazione delle Alpi...in effetti in Canton Ticino il rischio sismico è davvero poco rilevante mentre la compressione continua ad oggi sia in Appennino che nel settore orientale delle Alpi Meridionali.